当企业进行非同一控制下的控股合并时，支付的合并对价的公允价值与账面价值的差额处理方式会有所不同。
首先，如果合并对价为固定资产或无形资产，那么公允价值与账面价值的差额将被计入资产处置损益。这是因为在这种情况下，企业需要将资产的账面价值调整为公允价值，以反映其真实价值。
其次，如果合并对价为长期股权投资或金融资产，那么公允价值与其账面价值的差额将被计入投资收益。这是因为在这种情况下，企业通过投资获得了收益，因此需要将这部分收益计入投资收益。
第三，如果合并对价为存货，那么应当作为销售处理，以其公允价值确认收入，同时结转相应的成本。这是因为在这种情况下，企业将存货出售，因此需要将其销售收入计入收入，并结转相应的成本。
最后，如果合并对价为投资性房地产，那么以其公允价值确认其他业务收入，同时结转其他业务成本。这是因为在这种情况下，企业通过投资性房地产获得了其他业务收入，因此需要将其收入计入其他业务收入，并结转相应的成本。
总之，在进行非同一控制下的控股合并时，企业需要根据合并对价的不同类型，采取不同的处理方法来处理公允价值与账面价值的差额。这些处理方法旨在确保企业能够准确地反映其财务状况和经营成果。