权益法核算长期股权投资的所得税处理方式与普通投资有所不同。在权益法下，企业取得的长期股权投资的成本，如果小于其应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额，那么需要对长期股权投资的账面价值进行调整，并将调整金额计入取得投资当期的损益。
然而，根据企业所得税法的规定，企业对外进行权益性投资时，通过支付现金取得的投资资产，其成本为购买价；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，其成本为该资产的公允价值和支付的相关税费。如果初始投资成本小于被投资单位净资产公允价值的部分，这部分并不计入计税所得额，因此在计算所得税时，需要作为纳税调整调减项目处理。
此外，企业在取得长期股权投资后，采用权益法进行核算。这意味着，企业需要按照其应享有或应分担的被投资单位实现的净利润或发生的净亏损份额，来调整长期股权投资的账面价值，并将调整金额确认为当期损益。然而，在计算所得税时，这部分投资收益并不计入应税所得额。
另一方面，如果被投资单位发生了损失，那么这部分损失应由被投资单位自行弥补，投资单位不能将权益法下确认的投资损失在所得税前扣除。因此，这部分损失需要进行纳税调整处理。
总的来说，权益法核算长期股权投资的所得税处理方式，既需要考虑投资成本和被投资单位净资产公允价值的关系，也需要考虑投资收益和投资损失的税务处理，这使得权益法核算长期股权投资的所得税处理相对复杂。