增值税专用发票抵扣联并非原始凭证，而是用于认证抵扣的。在认证相符后，该抵扣联应与认证结果通知书一起单独存放，以备检查。
作为做账凭证的是发票联或记账联，而非抵扣联。这是因为抵扣联仅用于记录和确认纳税人已支付的增值税金额，而发票联或记账联则包含了更全面的信息，包括商品或服务的名称、数量、价格等。
为了确保会计档案的准确性和完整性，年末时，应将一年的增值税专用发票抵扣联和认证结果通知书装订成册，与其他会计档案一起存档。这样可以方便日后查阅和审计，同时也符合会计准则和法律法规的要求。
总之，增值税专用发票抵扣联是用于认证抵扣的工具，而非原始凭证。在做账时，应以发票联或记账联作为依据，确保会计记录的准确性和合规性。同时，将抵扣联和认证结果通知书与其他会计档案一起存档，有助于管理和审查。