根据《企业所得税法》第十三条，企业在计算应纳税所得额时，租入固定资产的改建支出被视为长期待摊费用。如果按照规定进行摊销，这些支出是可以被扣除的。
进一步参考《企业所得税法实施条例》第六十八条，固定资产的改建支出是指对房屋或建筑结构进行改变、延长使用年限等所发生的支出。对于租入固定资产的改建支出，需要按照合同约定的剩余租赁期限进行分期摊销。
因此，在该公司的情况下，发生的维修工程属于改建支出。根据《企业所得税法》的规定，这些支出应该在生产结束时一次性扣除。
需要注意的是，在进行改建支出的摊销和扣除时，企业应该遵循相关法律法规的要求，并确保准确记录和报告相关数据。此外，企业还应该及时与税务机关进行沟通，以确保正确理解和适用相关规定。
总之，根据《企业所得税法》和《企业所得税法实施条例》，租入固定资产的改建支出可以作为长期待摊费用进行摊销和扣除。在进行操作时，企业应该遵循法律法规的要求，并及时与税务机关进行沟通，以确保合规性和准确性。