根据《财政部、国家税务总局关于增值税税控系统专用设备和技术维护费用抵减增值税税额有关政策的通知》（财税[2012]15号）第三条规定，增值税一般纳税人支付的两项费用在增值税应纳税额中全额抵减的，其增值税专用发票不作为增值税抵扣凭证，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
根据《企业财务通则（2006）》第二十条规定，企业取得的各类财政资金，区分以下情况处理：……（五）属于弥补亏损、救助损失或者其他用途的，作为企业收益处理。
根据《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。本条所称财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款；所称国家投资，是指国家以投资者身份投入企业、并按有关规定相应增加企业实收资本（股本）的直接投资。
从财务处理角度看，企业出于会计核算和资产管理角度考虑，可以将增值税税控系统专用设备作为固定资产管理，同时作为企业收益处理。税法作为应税收入，企业的应税收入用于支出所形成的资产，计算的折旧可以在计算应纳税所得额时扣除。