单独支付运费的会计分录如下： 借：销售费用-运费 应交税费-应交增值税(进项税额) 贷：银行存款
关于支付运费对应进项税额能否抵扣的处理，需要根据以下情况进行判断： 1. 销售货物时，如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额； 2. 购买货物时，如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额； 3. 如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。