差额征税的会计处理主要涉及两个方面。
首先，是企业发生相关成本费用允许扣减销售额的情况。在这种情况下，当企业发生成本费用时，应按照应付或实际支付的金额，借记“主营业务成本”“存货”“工程施工”等科目，贷记“应付账款”“应付票据”“银行存款”等科目。待取得合规增值税扣税凭证且纳税义务发生时，应按照允许抵扣的税额，借记“应交税费-应交增值税（销项税额抵减）”或“应交税费-简易计税”科目。需要注意的是，小规模纳税人应借记“应交税费应交增值税”科目，贷记“主营业务成本”“存货”“工程施工”等科目。
其次，是金融商品转让按规定已盈亏相抵后的余额作为销售额的情况。在金融商品实际转让月末，如果产生转让收益，则按应纳税额借记“投资收益”等科目，贷记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目；如果产生转让损失，则可以结转下月抵扣税额，借记“应交税费-转让金融产品应交增值税”科目，贷记“投资收益”等科目。缴纳增值税时，应借记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目，贷记“银行存款”等科目。年末时，如果本科目有借方余额，则借记“投资收益”等科目，贷记“应交税费-转让金融商品应交增值税”科目。