当单位申请开立银行承兑汇票支付保证金时，借方通过其他应收款科目进行核算，而贷方则通过银行存款等科目进行核算。

在账务处理方面，单位申请开立银行承兑汇票支付的保证金，具体操作如下：

1. 借：其他应收款

2. 贷：银行存款等科目