根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)的规定，在处理土地增值税清算的过程中，对于已全额开具商品房销售发票的情况，应当依据发票上所注明的金额来确定收入。若未开具发票或者发票开具不完整，则需依据买卖双方签订的销售合同中记载的房屋售价以及其他相关收益来计算收入。此外，如果销售合同中标注的商品房面积与官方机构实际测量得到的面积存在差异，并且在进行土地增值税清算之前已经发生了补差价或退款的行为，那么这些调整也应当被纳入到土地增值税的计算之中。