根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，工程配套设备的进项税额是可以抵扣的。具体规定如下：
1. 以下项目的进项税额不得从销项税额中抵扣： - 用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务； - 非正常损失的购进货物及相关的应税劳务； - 非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务； - 国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品； - 本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
2. 不属于上述项目，所以进项税额可以抵扣。