在处理发票认证过程中，如果遇到三证合一后新老税号不一致的情况，企业应携带相关发票和进项资料前往税务局大厅进行发票认证，之后便可正常抵扣。对于其他业务，例如企业报销的普通发票，企业可以照常进行入账报销。