企业在进行中小企业担保公司担保费的支出时，可以根据实际发生的费用在企业所得税前进行扣除。

具体来说，企业应将担保费支出计入财务费用等相关科目。

会计分录如下：

借：财务费用等科目，

贷：银行存款等科目。