个体工商户纳税人的税费征收方式主要包括查账征收、核定征收、定期定额征收、代扣代缴和代收代缴。根据《个体工商户建账管理暂行办法》（国家税务总局令第17号）第十四条规定：“税务机关对建账户采用查账征收方式征收税款。建账初期，也可以采用查账征收与定期定额征收相结合的方式征收税款。”