根据最新规定，企业若要办理新版发票专用章，必须首先在公安部门指定的刻章公司完成刻制工作，随后统一到税务机关进行备案。这一要求源自国税总局的文件，明确指出发票章必须在公安部门进行备案。

具体办理流程如下：

首先，需要准备以下发票专用章备案资料：

1、营业执照副本复印件；

2、法人身份证复印件；

3、税务登记证复印件；

4、刻章申请书(需盖公章)；

5、上交旧发票章。