货物代理公司，作为小规模纳税人时，其增值税的计算方式为：不含税收入乘以征收率。而作为一般纳税人，则需按照销项税额减去进项税额来确定应纳增值税额。
对于附加税的计算，则是将增值税额乘以相应的附加税税率得出。企业所得税方面，则需要根据企业的利润总额乘以所得税税率来计算。至于印花税，则是基于相关合同金额乘以印花税税率来征收。