《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第二十九条明确指出，企业开发和建造的开发产品必须采用制造成本法进行计量与核算。具体而言，直接成本以及能明确归属到特定成本对象的费用应直接计入该成本对象，而共同成本和无法明确归属的间接成本则需根据受益原则和配比原则分配至各成本对象（例如贵公司的土地出让金、配套费等）。具体的分配方法可以从以下几种方式中选择：
（一）占地面积法，即根据已动工开发的成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配。 1. 对于一次性开发的项目，按照某一成本对象占地面积占全部成本对象占地总面积的比例进行分配。 2. 对于分期开发的项目，首先按本期全部成本对象占地面积占开发用地总面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象占地面积占期内全部成本对象占地总面积的比例进行分配。 期内全部成本对象应负担的占地面积为期内开发用地占地面积减除应由各期成本对象共同负担的占地面积。
（二）建筑面积法，即根据已动工开发的成本对象建筑面积占开发用地总建筑面积的比例进行分配。 1. 对于一次性开发的项目，按照某一成本对象建筑面积占全部成本对象建筑面积的比例进行分配。 2. 对于分期开发的项目，首先按期内成本对象建筑面积占开发用地计划建筑面积的比例进行分配，然后再按某一成本对象建筑面积占期内成本对象总建筑面积的比例进行分配。
（三）直接成本法，即根据期内某一成本对象的直接开发成本占期内全部成本对象直接开发成本的比例进行分配。
（四）预算造价法，即根据期内某一成本对象预算造价占期内全部成本对象预算造价的比例进行分配。
第三十条规定，企业下列成本应按以下方法进行分配： （一）土地成本，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，应商税务机关同意。 土地开发同时连结房地产开发的，属于一次性取得土地分期开发房地产的情况，其土地开发成本经商税务机关同意后可先按土地整体预算成本进行分配，待土地整体开发完毕再行调整。
（二）单独作为过渡性成本对象核算的公共配套设施开发成本，应按建筑面积法进行分配。
（三）借款费用属于不同成本对象共同负担的，按直接成本法或按预算造价法进行分配。
（四）其他成本项目的分配法由企业自行确定。
据此可以确定，贵公司的土地成本投入应当按照两个成本核算对象的占地面积进行分配，借款费用利息按直接成本法或预算造价法进行分配；基础设施费、配套设施费、开发间接费属于直接成本和能够分清成本对象的间接成本，直接计入成本对象，共同成本和不能分清负担对象的间接成本，应按受益的原则和配比的原则分配在两个成本对象之间进行分配。
两个成本对象之间的一次分配后，每个成本项目汇总金额还需要在各自的具体成本核算单位例如各楼号、住宅、商铺等之间进行明细分类核算。