对于一般纳税人的企业来说，从果农处收购水果用于生产活动，并且取得了农产品的发票时，其进项税额的计算方式是依据9%的税率来进行抵扣。

具体而言，可以抵扣的进项税额计算公式为：农产品的收购价格乘以9%。

在账务处理方面，当一般纳税人的企业从果农那里收购水果用于生产并获得了农产品发票后，应该按照以下步骤操作：

首先，借记“原材料”科目；

其次，借记“应交税费—应交增值税（进项税额）”科目；

最后，贷记“银行存款”等相关科目。