根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）的规定，土地增值税的清算过程中，收入的确认遵循特定原则。具体来说，当商品房销售发票已经全额开具时，其发票上所标明的金额将直接作为收入的确认依据；反之，若发票未被开具或未完全开具，则应以买卖双方签订的销售合同中注明的售房金额及其他相关收益来确认收入。此外，如果销售合同中记载的商品房面积与官方测量结果存在差异，并且在土地增值税清算之前已进行了相应的补差或退款操作，那么在计算应缴纳的土地增值税时，必须对此进行调整。