当企业需要对工程服务进行开票并补缴税款时，会计分录如下：

首先，记录应收账款或银行存款的增加：

借：应收账款/银行存款等

贷：主营业务收入

贷：应交税费-应交增值税-销项税额

接着，反映主营业务成本的变动：

借：主营业务成本

贷：工程施工

在缴纳相关税金时，具体操作为：

借：应交税费-未交增值税

借：应交税费-城建税

借：应交税费-教育费附加

借：应交税费-地方教育费附加

最后，完成税款支付：

贷：银行存款