企业预缴的增值税清算时间需根据具体情况判断。例如，当企业希望申请更多发票时，税务局可能会要求其先预缴部分税金，这部分税金将在企业下一个申报期内进行清算。另外，对于在外地有工程项目的工程施工企业而言，通常需要在工程完工或返回企业所在地进行税务申报时进行增值税预缴清算。