企业在处理跨年退回多缴纳的水利基金时，可以采取两种不同的会计处理方法。首先，企业可以选择将退款直接记入营业外收入—税收减免科目。具体账务处理如下：

借：银行存款

贷：营业外收入—税收减免

另一种方法是通过冲减之前计提及缴纳的相关税费来进行账务处理。这种方法下的操作步骤为：

借：银行存款

贷：应交税费—应交水利基金

接着，需要调整以前年度损益，其分录如下：

借：应交税费—应交水利基金

贷：以前年度损益调整