当发票被对方作废时，

如果收票单位尚未勾选认证，只需将发票抵扣联和发票联退还给对方即可。反之，若收票单位已经进行了勾选认证，则需要在申报增值税时进行进项税额转出处理，并同样将发票的抵扣联和记账联退还给对方。在此过程中，单位应记录以下分录：

借：应交税费-应交增值税-进项税额，

贷：应交税费-应交增值税-进项税额转出。