政府补助的专项资金改造费在会计处理上，根据《企业会计准则第十六号——政府补助》，可以区分为与资产相关的政府补助和与收益相关的政府补助两大类。

对于与资产相关的政府补助，这类补助应当被确认为递延收益，并在相关资产的使用期限内平均分配，最终计入当期损益。

而与收益相关的政府补助则需根据具体情况进行不同的会计处理：

（一）如果补助用于补偿企业以后期间的相关费用或损失，则同样确认为递延收益，并在确认相关费用的期间内，计入当期损益。

（二）若补助用于补偿企业已经发生的相关费用或损失，则应直接计入当期损益。