当员工因公出差而发生的住宿费用被开具增值税专用发票时，这部分费用的进项税额是允许抵扣的。在会计处理上，应当这样记录：

首先，企业需要借记“管理费用—差旅费”，然后是借记“应交税费—应交增值税（进项税额）”。最后，贷记相应的科目，如“银行存款”等。这样的账务处理方式确保了企业能够合法地减少其应缴的增值税额。

另一方面，如果员工的住宿费用是为了提供职工福利而产生的，即使收到了增值税专用发票，这部分费用的进项税额也是不允许抵扣的。在这种情况下，会计分录会有所不同：

企业只需借记“管理费用”等相关科目，无需涉及“应交税费”部分，直接贷记“银行存款”等相应科目。这种处理反映了企业将此类支出视为非业务性质的开支，因而不享受税收优惠的政策。