在工程项目中，当工程款项已经支付但尚未收到发票时，企业可以采取暂估入账的方式来处理这笔费用。具体操作如下：

首先，企业需要将支付的工程款记入“工程施工—合同成本”科目，同时减少银行存款等相应的资产科目。这可以通过以下会计分录来实现：

借：工程施工—合同成本

贷：银行存款等科目

其次，当企业收到工程服务收入时，需要根据实际发生的成本进行结转。这一步骤涉及到将之前暂估的成本从“工程施工—合同成本”科目转入“主营业务成本”科目，以反映实际的成本支出。具体的会计分录为：

借：主营业务成本

贷：工程施工—合同成本