员工自有车辆补贴，作为一项费用的补偿，其本质决定了它不应该被计入正式的发票系统中。

当单位对员工的个人汽车使用情况进行经济补助时，这一行为在财务上体现为成本的增加，这会直接反映在借方账目中；同时，由于资金的流出，公司的货币资产相应减少，这部分减少的资产则通过贷方账目来记录。

具体来说，对于员工自有车辆的补贴，会计处理流程如下：

首先，将这笔补贴记入“管理费用”等相关科目的借方。

随后，根据实际支付方式的不同，如果是通过银行转账支付，则在“银行存款”等科目的贷方进行相应的登记。