自然人代开发票时，需缴纳以下税种：增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加以及个人所得税。具体如下：

1、增值税：其征收率为3%。

2、城建税：根据所在区域不同，征收率也有所差异。市区、县城(镇)的征收率为7%，非市区、县城(镇)的征收率为5%，其他区域的征收率为1%。

3、教育费附加：按照增值税额的3%计算。

4、地方教育费附加：同样按照增值税额的2%计算。

5、个人所得税：若按劳务报酬所得计算，由扣缴义务人依法履行预扣预缴义务，并办理个人所得税扣缴申报。