在会计处理中，当一般纳税人采购材料并取得专用发票时，相关的进项税额是允许抵扣的。企业应按照实际支付给供应商的金额来记录库存商品的成本。

具体来说，会计分录如下：

借方：

- 库存商品等（根据实际支付的金额）

- 应交税费—应交增值税—进项税额（对应专用发票上的税额）

贷方：

- 银行存款等（反映实际支付给供应商的款项）

通过这种方式，企业可以有效地管理和控制其税务负担，同时确保库存商品的成本得到准确记录。