购买定点医疗机构结算系统软件作为公司的无形资产，应当直接按照无形资产的相关规定进行账务处理。

具体操作如下：

1. 借：无形资产—系统软件，记录购买系统软件的成本。

2. 贷：银行存款，反映支付给供应商的款项。

3. 平时需要进行摊销时，

4. 借：管理费用—无形资产资产摊销，表示将无形资产的成本分摊到各个会计期间。

5. 贷：累计摊销，记录已经摊销的金额。