农业生产公司基本属于免征增值税生产项目，按照增值税暂行条例及实施细则规定，免税项目购进货物、劳务（服务），不得抵扣进项税额。如果购进的这些种子、种苗及农药用于增值税应税项目，当然可以抵扣进项税额。

比如购进免税农产品进项税额抵扣=购买价款*扣除率。