支付合同违约金在企业所得税中可以扣除。

根据《企业所得税税前扣除办法》第五十六条规定：纳税人按照经济合同法规支付的违约金（包括银行罚息）、罚款和诉讼费可以扣除。

依据《企业所得税法》第十条 在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：

（一）向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项；

（二）企业所得税税款；

（三）税收滞纳金；

（四）罚金、罚款和被没收财物的损失；

（五）本法第九条规定以外的捐赠支出；

（六）赞助支出；

（七）未经核定的准备金支出；

（八）与取得收入无关的其他支出。"