员工借大笔金额通过转账方式付是可以的。

员工向单位借款的时候账务处理是，

借：其他应收款—某某员工，

贷：银行存款。

收到员工偿还借款的时候账务处理是，

借：银行存款等科目，

贷：其他应收款—某某员工。