电子承兑汇票在贴现、转贴现、提示付款时均可以选择清算方式，线上清算还是线下清算，现在清算的定义为资金还是按照传统的方式走，票据的权利转移和资金的清算不是一个动作，线上清算为票据权利的转移和资金的清算为一个动作完成，即银行签收时票据权利会变通，同时人民银行会从转入行大额头寸扣减对应的资金。

那么交易时是线上清算好还是线下清算好，从资金和权益保障方面建议最好采用线上清算，但不是所有情况都可以用线上清算，央行规定，若入账账号和转入行是同一个银行只能用线下清算，其余情况均可以用线上清算的方式进行清算。