发票认证勾选的目的是为了抵扣进项税额，一般纳税人企业计算增值税的方式为销项税额减去进项税额和其他可以抵扣的税额，按其差额缴纳。而发票认证勾选，则是企业确认进项税额的方式，只有经过勾选或者其他方式进行认证后的发票金额，才能作为进项税额抵扣。