1、概念不同。免征额亦称“免税点”。税法规定课税对象中免予征税的数额。无论课税对象的数额大小，免征额的部分都不征税，仅就其余部分征税。

起税点，是指税法规定对课税对象开始征税的最低界限，收入未达到起征点的低收入者不纳税，收入超过起征点的高收入者按全部课税对象纳税。

2、两者的侧重点不同。起征点照顾的是低收入者，免征额则是对所有纳税人的照顾。同样的数额规定为起征点和规定为免征额，对那些收入在规定数额以下的人来说，似乎看不出有什么差别，但对于收入超过规定数额的纳税人而言，其影响就截然不同了。

3、应用的领域不同。起征点在增值税和营业税中的应用比较多，主要针对增值税和营业税中的个人。而免征额在个人所得税中的应用比较多，如工资、薪金所得的免征额2011年9月1日起为3500元，劳务报酬所得、稿酬所得或特权使用费所得为定额800元或定率为收入的百分之二十。