公司建厂工程设计费计入在建工程—某某工厂科目核算。

支付公司建厂工程设计费的账务处理是，

借：在建工程—某某工厂，

应交税费—应交增值税（进项税额），

贷：银行存款等科目。

工程完工的时候账务处理是，

借：固定资产—某某工厂，

贷：在建工程—某某工厂。