个人独资企业零申报的操作步骤：登录电子税务局，点击纳税申报表，在计税依据栏次填写0，然后提交申报，就可以完成相应税款的零申报。增值税是0申报，那么附加税的计税依据栏次自然就是填写0然后申报。