增值税发票作废是合法的，根据相关规定，纳税人发生应税行为，开具增值税专用发票后，发生开票有误或者销售折让、中止、退回等情形的，应当按照国家税务总局的规定将发票作废，对于已经跨月不能作废发票的，则应该开具红字增值税专用发票。