总公司如果与分公司实际发生了相关交易，是可以根据交易清缴据实开具相应内容的发票的。总公司如果与分公司没有实际发生相关交易，是不可以开具发票的。是否可以开具发票取决于是否实际发生交易，不受总分公司影响的。