如果公司收取商户的罚款是与提供的服务或是销售相关的，例如产品质量罚款，建筑质量不合格罚款等，罚款应作为价外费用缴纳增值税。要是没有开始服务或是销售的话，不缴纳增值税，比如合同取消的违约金等。

《中华人民共和国增值税暂行条例》第六条规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，条例第六条第一款所称价外费用，包括价外购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。