企业发放员工薪资时的扣款应该将扣款金额计入“其他应收款”科目里面核算，发放工资时，其会计分录为：

借：应付职工薪酬—工资，

贷：库存现金/银行存款 (实发工资数)，

其他应付款—养老保险 / 医疗保险等 (个人支付部分)，

其他应付款—住房公积金 (个人支付部分)，

应交税费—应交个人所得税 (代扣代缴个税)，

其他应收款 (其他应扣款)。