农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%，会计分录：

借：生产成本-直接材料，应交税费-应交增值税（进项税额），

贷：原材料。2019年4月1日起，增值税税率进一步调整，农产品适用税率调整为9%。

纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率同步调整为9%。考虑到农产品深加工行业的特殊性，《财政部 税务总局 海关总署关于增值税改革有关政策的公告》（财政部、国家税务总局、 海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）规定，纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即对农产品深加工给予1%的加计扣除。