大小：野生大小不均匀，养殖大小都平均在4-6cm左右。形状：野生有圆形、椭圆形或尖尖形，养殖多数都是尖尖的。颜色：野生颜色较淡，为淡褐色偏白，养殖颜色统一，多为深褐色。花纹：野生花纹没有规律、多样，养殖花纹都是梯形的。菌柄：野生带有菌柄且有泥脚，养殖的则相反。

一、大小区别

野生的羊肚菌大小都是有的差异的，十分的不均匀，有很多都是4cm以下的。人工养殖的羊肚菌大小都是均匀，平均都是在4-6cm左右。

二、形状区别

野生的形状也都不一样，有些为椭圆形、圆形或是尖尖的形状。而养殖的则多数情况下都是尖尖的。

三、颜色区别

相对来说，野生的颜色会比较淡一些，并且看起来有很多个颜色，多是淡褐色且有一些偏白。养殖出来的颜色就很统一，通常为黑、灰色、深褐色。

四、花纹区别

野生的羊肚菌上面的花纹都是多样的，也没有任何的规律可言。人工养殖的花纹都差不多，通常都是梯形的花纹。

五、菌柄区别

野生的一般都是带有菌柄，且上面还有泥脚。而经过养殖的菌柄都是被剪掉的，且泥脚也会被剪掉一点，有些会从菌盖处直接剪除。