个税系统更正申报后多交的税款退回公司账上。

个人所得税申报更正：首先进入扣缴客户端，选择需更正的“税款所属月份”，点击【综合所得申报】—【4.申报表报送】—【更正申报】，进行更正申报。更正数据既可以“手工”“修改”，也可通过申报表“导入”修改。