代开发票已经预缴增值税申报时，需要将预缴的税金填入申报表对应的预缴税金栏次。具体操作如下：
1. 借：应收账款等。 2. 贷：主营业务收入。 3. 贷：应交税费-应交增值税。 4. 借：应交税费-应交增值税。 5. 贷：银行存款。
需要注意的是，代开发票必须由税务机关委托的代征单位开具。如果开票人未销售货物或提供劳务，而代索票人开具发票，则属于虚开发票的行为。因此，在进行代开发票时，务必遵守相关法律法规，确保合法合规。