根据《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目时主要包括取得土地使用权所支付的金额。对于个人购入房地产再转让的情况，其在购入时已缴纳的契税已经在旧房及建筑物的评估价中考虑了，因此在计征土地增值税时，不需要另外将其作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。
房地产开发企业在取得土地使用权时支付的契税的扣除问题需要特别注意。根据相关规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税应被视为“按国家统一规定交纳的有关费用”，并计入“取得土地使用权所支付的金额”中进行扣除。
综上所述，取得土地使用权所交的契税在土地增值税清算时也是可以扣除的。这一点需要特别关注，以确保在计算土地增值税时能够准确扣除相关费用。