当企业开出三个月的商业汇票时，会计分录如下：
借：库存商品或原材料，应交税费—应交增值税（进项税额），贷：应付票据。
这个会计分录反映了企业在购买库存商品或原材料时，使用商业汇票作为支付方式。在这个交易中，企业需要向供应商支付货款，并承担相应的税费。为了记录这笔交易，会计需要根据借贷记账法的原则进行分录。
首先，借方的库存商品或原材料代表企业购买了库存商品或原材料，这是企业的资产增加。同时，借方的应交税费—应交增值税（进项税额）表示企业需要支付相应的增值税，这也是企业的负债增加。
其次，贷方的应付票据代表企业开出了三个月的商业汇票，这是企业的负债增加。商业汇票是一种由企业开具的、承诺在一定期限内支付给持票人一定金额的票据。由于企业开出了商业汇票，因此需要将这部分负债计入贷方核算。
综上所述，当企业开出三个月的商业汇票时，会计分录为借：库存商品或原材料，应交税费—应交增值税（进项税额），贷：应付票据。这个分录反映了企业的资产增加和负债增加的情况，并且根据借贷记账法的原则进行了正确的记录。