事业单位应设置“事业基金”科目，核算事业基金的各项来源、运用和结存。在该科目下，应设立“一般基金”和“投资基金”两个明细科目。
事业基金的账务处理主要包括以下几个方面：
首先，在年末时，将“非财政补助结余分配”科目的余额转入事业基金。借记或贷记“非财政补助结余分配”科目，贷记或借记本科目。
其次，在年末时，将留归本单位使用的非财政补助专项（项目已完成）剩余资金转入事业基金。借记“非财政补助结转—××项目”科目，贷记本科目。
此外，以货币资金取得长期股权投资、长期债券投资时，按照实际支付的全部价款（包括购买价款以及税金、手续费等相关税费）作为投资成本。借记“长期投资”科目，贷记“银行存款”等科目；同时，按照投资成本金额，借记本科目，贷记“非流动资产基金—长期投资”科目。
最后，对外转让或到期收回长期债券投资本息时，按照实际收到的金额，借记“银行存款”等科目，按照收回长期投资的成本，贷记“长期投资”科目，按照其差额，贷记或借记“其他收入—投资收益”科目；同时，按照收回长期投资对应的非流动资产基金，借记“非流动资产基金—长期投资”科目，贷记本科目。
以上是事业单位对事业基金进行账务处理的基本步骤和原则。通过合理设置科目和明细，事业单位可以更好地核算和管理事业基金的来源、运用和结存情况，确保财务数据的准确性和完整性。