当公司组织全体旅游时，过路费属于企业旅游费用的一部分。根据会计核算规定，这部分费用应计入管理费用中的福利费科目进行核算。需要注意的是，福利费对应的进项税额不能抵扣。
具体的会计分录如下：
1. 借：管理费用—福利费—通行费 贷：应付职工薪酬—非货币性福利
2. 借：应付职工薪酬—非货币性福利 贷：现金
通过以上分录，公司可以将过路费计入管理费用中的福利费科目，并按照相关法规进行核算。同时，需要注意福利费对应的进项税额不能抵扣。这样的处理方式可以确保公司的财务记录准确无误，符合会计准则的要求。