对于企业垫付的运费，应该计入到其他应收款科目进行核算。其他应收款是指企业除买入返售金融资产、应收票据、应收账款、预付账款、应收股利、应收利息、应收代位追偿款、应收分保账款、应收分保合同准备金、长期应收款等以外的其他各种应收及暂付款项。
当企业垫付运费时，需要进行会计分录处理。首先，借记其他应收款—垫付运费科目，表示企业为他人垫付的运费金额增加。然后，贷记现金等科目，表示企业支付了这笔款项。
实际收到垫付的款项时，需要做相反的会计分录进行处理。具体来说，借记现金等科目，表示企业收到了垫付的款项。然后，贷记其他应收款—垫付运费科目，表示企业垫付的运费金额减少。
通过这样的会计处理，企业能够准确地记录和反映垫付运费的情况。同时，这也有助于企业对其他应收款的管理和控制，确保资金的安全和流动性。